由于创业板市场上市公司规模相对小，多处于创业及成长期，发展相对不成熟，以下风险会更为突出：
一是上市公司的经营风险。创业企业经营稳定性整体低于主板上市公司，一些上市公司经营可能大起大落甚至经营失败，因此其退市的风险较大。
二是上市公司诚信风险。创业板公司多为民营企业，可能存在更加突出的信息不对称问题，完善公司治理、加强市场诚信建设的任务更为艰巨。如果出现大面积上市公司诚信问题，不仅会使投资者面临巨大风险，也会使整个创业板发展遇到诚信危机。
三是股价大幅波动的风险。创业板上市公司规模小，市场估值难，估值结果稳定性差，较大数量的股票买卖行为就有可能诱发股价出现大幅波动，股价操纵也更为容易。从海外Cye创业板市场发展经验看，创业板市场的股价波动幅度显著高于主板市常在NASDAQ市场，我们熟悉的国内三大网站在1999-2004年间都经历过下跌时股价跌幅超过90%，上涨时股价涨幅超过20倍的情况。
四是创业企业的技术风险。将高科技转化为现实的产品或劳务具有明显的不确定性，必然会受到许多可变因素以及事先难以估测的不确定因素的作用和影响，存在出现技术失败而造成损失的风险。
五是投资者不成熟可能引发的风险。我国投资者结构仍以个人投资者为主，对公司价值的甄别能力不高，抗风险能力不强，对创业企业本身的价值估计难度更大，容易出现盲目投资而引致投资损失风险。