农村合作基金最早是一种新型社会保障组织，后演变为农村合作基金会。农村合作基金会是合作制集体经济组织，从性质上看，农村合作基金会并非真正意义的金融机构，而是一个社区性金融系统的补充形式。1983年一些乡村为有效地管理、用活和清理整顿集体积累资金，将集体资金由村或乡管理并有偿使用而设立基金会；1984-1986年处于萌发阶段；1987-1991年处于改革试验阶段，逐步得到政府和有关部门的鼓励和支持；1992以来，开始处于推广和稳步发展阶段，在1995年前，在当地农业行政主管部门的批准下，全国农村相继建立了农村合作基金会，有区级的、乡镇的、村级的。
基金会筹集资金渠道主要有：
(1)集体积累资金，即向农民收缴的各项统筹提留资金。如水利费、土地使用费、公路养路费、五保户军列属、民兵训练费、文教卫生科技服务费等。
(2)农业发展资金：上级拨付或捐赠的支农建设资金。
(3)农户入股资金。
(4)代管资金：财政拨给乡(镇)事业单位的经费收入、各项罚款或收入。
资金投放主要用于：乡(镇)、村办企业，农用基本建设，农户种养殖业，农户生活困难救济等。农村基金会的存在，在一定程度上缓解了正式金融体制安排下资金供给不足的矛盾，有利于农村经济的发展，但大多数农村基金会的运作都违背了合作基金会的互助宗旨，把农村基金会变成了办理存贷业务的第二个农村信用社，由于普遍的高息吸存和内部管理混乱，农村基金会很快出现了大面积的兑付风险。农业部农村改革试验区办公室“农村合作金融”课题组在全国的调查中发现，组大多数农村合法基金组织并没有在当地的工商部门进行登记、注册，也没有获得相应的营业执照，其法人地位并未得到法律的认可(有些地方在处理法律问题上把其当作自然法人)。按民法通则规定，合作基金组织已基本符合获取法人地位的条件。法人地位不确立，其经济行为就必然会受到限制，既不能照章纳税，也不能受到法律的保护。1999年1月，为规范金融市场，整顿金融秩序，国务院发布3号文件，正式宣布全国统一取缔农村合作基金会。个别地区依然存在极少量的农村合作基金会组织，只是经营方式已由以前的公开转为地下。就这一点而言，其和地下钱庄实际上已经没有很大差别。虽然农村合作基金会这种形式已不再存在，但我们仍可通过对其分析，借鉴其优点，摒弃其缺点。农村合作基金会在其存在的历史阶段，一方面填补了基层农村金融体制断层，其业务主要面向小农户从事行社业务不经济的小额信贷服务，能够以灵活的金融活动来弥补行社之不足；另一方面，从近些年的实践经验看，只有在那些农村合作基金会发展较好的地方，高利贷才得以被抑制。然而在其发展的过程中政府对它进行了过多的行政干预，且由于缺乏完善的监管机制，导致了许多凭关系，走后门的情况发生，农村合作基金会的功能被严重扭曲。农村合作基金会，是一个完整走完产生、发展、灭亡全过程的大型民间金融机构，对其分析可以给我们许多经验和教训。一个突出的教训就是，如果金融监管还未能按照市场经济的规则进行，政府还可以对民间金融机构指手画脚，民间金融的合法化就是民间金融的灾难。