区别：在理论上，新三板属于柜台交易。在开设新三板之前，中国证券市场就已经有了三板市场。 它主要是承接原STAQ、NET 系统挂牌公司和在沪深交易所退市的公司进行股份转让。而新三板市场主要是为在科技园区的非上市股份有限公司服务，将其纳入代办股份系统进行转让。至2012年3月，新三板还在试点阶段，由于挂牌企业均为高科技企业，不同于原转让系统内的退市企业及原STAQ、NET 系统挂牌公司，故形象地称为新三板。不过，也有人仍然习惯地将新三板也称之为三板市场。
优缺点：
新三板市场的优势明显，就是对挂牌企业没有明确的财务指标要求，这对以高新技术为主导，处于成长阶段的企业来说，很有吸引力。
新三板市场的不足之处首先在于其融资额相对偏低。平均来看，一般一个新三板企业一轮仅可融资2000万至5000万。而市场分析人士估计创业板的融资规模每家一轮在1.5亿元左右。其次，新三板公司的上市股票在三板市场上，流动性不高，后续融资比较困难。